北京市东城区疾病预防控制中心（原东城区卫生防疫站）是根据国家卫生防病机构改革精神成立的区级卫生事业单位，位于北京市东城区北兵马司胡同5号。1999年在原址进行翻建，新建后的中心保留了原有的四合院建筑风貌，建筑面积5410平方米。
中心现有编制130人，大专及以上学历62人，专业技术人员 117人，(其中卫生技术人员103人)，中级及以上专业技术人员52人。中心设置10个业务科室和4个职能科室（不包括工会、党办），其中业务科室包括公共卫生科、流行病科、计划免疫科、慢性病防治科、健康教育科、感染防制科、学校卫生科、微生物检验科、理化检验科、体检科。
　　中心坚持“预防为主”的方针，应用预防医学理论、技术，进行预防、控制和消灭疾病、改善卫生状况，增进人民健康，以促进经济发展和社会稳定，是区政府和区卫生局的参谋部门，是全区疾病预防与控制的业务指导部门。中心常年承担辖区内各种传染病、慢性非传染性疾病、职业病的预防控制，劳动卫生与放射防护，学生常见病防治，消毒与病媒生物及医学昆虫防治，健康教育，食品、公共场所、涉水产品、一次性医疗、卫生用品等对影响人体健康的相关产品进行卫生学检测评价，建设项目预防性卫生学评价，食品与公共场所从业人员健康体检与培训，同时参与并承担传染病暴发疫情、食物中毒、急性职业中毒及生活饮用水污染等突发事件的调查处理及控制。
　　东城区疾病预防控制中心同时作为东城区卫生检测检验中心，拥有一支技术过硬的卫生检验队伍和一套先进的检验设备，现有用于检验的仪器设备166台件，如6890-5973N型气相色谱-质谱仪、AFS-230系列双道原子荧光光度计、DX500IC离子色谱仪、F-2500荧光光度计、日立7060自动分析仪、mini-Vidas自动酶联免疫荧光分析仪、VETK全自动微生物分析仪等。1998年11月中心通过了北京市技术监督局计量认证，244个检测项目获得国家CMA标识，目前能够开展肠道、呼吸道、人畜共患传染病、厌氧菌、霉菌、病原菌检测以及食品、环境、水质、劳动卫生等理化检验。
　　东城区疾病预防控制中心行使政府疾病预防控制、保障人民群众身体健康的职能，同时积极扩大业务服务范围，向社会各界提供优质服务，主要服务项目包括预防接种咨询服务和多种疫苗的接种；医学昆虫及鼠类的消、杀、灭服务及技术指导和咨询；性病、艾滋病咨询与初筛检测；食品、化妆品、生活饮用水、一次性医疗、卫生用品的委托检验；龋齿防治等学生常见病防治，以及室内装修空气质量检测等多项服务。此外中心新添置的电脑制卡系统和多项检验设备为从业人员办理健康胸卡提供了先进、方便、快捷、准确的服务，新装备的X光透视车为外出上门服务提供了方便。2002年，本中心又以先进的仪器设备、雄厚的技术实力、高水平的人员素质，成为北京市食品污染物监测系统的检测实验室之一。中心将通过不断扩大服务范围和提高服务质量，力争在预防保健服务市场的锤炼中，求得进一步的发展。